首先，我们需要了解什么是剪切蒙版。剪切蒙版是一种通过一个形状来限制另一个或多个对象显示范围的技术。简单来说，它允许你“裁剪”掉某些区域的内容，只保留特定形状内的部分。通常情况下，被剪切的对象应该保持其原有的属性，包括填充颜色、描边等。

然而，在某些情况下，即使你的上层矢量对象最初设置了填充颜色，在应用剪切蒙版之后，这些填充颜色却不见了。这可能是由于以下几个原因造成的：

1. 蒙版层设置问题：确保你的剪切蒙版层（即用来定义显示区域的那个形状）没有被意外地应用了透明度或者混合模式。如果蒙版层本身具有较高的透明度或特殊的混合模式，可能会导致下层对象的颜色无法正常显示。

2. 对象的排列顺序：有时候，即使你认为自己已经正确设置了剪切关系，但实际上对象的层级关系可能并不如预期。检查一下是否所有相关的元素都按照正确的顺序堆叠在一起，并且那个负责剪切的对象位于最顶层。

3. 视图模式的影响：有时，Adobe Illustrator的视图模式也可能影响到我们对图形外观的判断。尝试切换到不同的预览模式（例如线框模式）来看看是否有变化；有时候，某些细节只有在特定模式下才会显现出来。

4. 软件版本差异：不同版本的Illustrator可能存在一些细微的功能差异，包括如何处理剪切蒙版与填充颜色之间的互动。如果你最近更新了软件，请确认是否存在已知的问题报告。

5. 隐藏属性：最后，别忘了检查一下那些容易被忽略的小按钮——比如锁定图标、隐藏图标等等。有时候，仅仅是不小心点击了某个开关，就会导致看似简单的故障发生。

解决这类问题的关键在于仔细排查每一个环节，同时也要熟悉软件的各种功能及其背后的逻辑。希望以上建议能够帮助你找到并解决问题！如果还有其他疑问，欢迎随时提问。